Por ser uma solução flexível, o SEI proporciona formas variadas de utilização de suas funcionalidades, bem como se adapta a diferentes realidades de atribuições institucionais. Por isso, é importante que os órgãos e setores do MPRJ padronizem os processos de trabalho em cada unidade. A instituição de normas e procedimentos garante a segurança da informação e otimiza a organização do trabalho. Padronizações no âmbito das unidades facilitam a utilização de recursos que o sistema oferece, tais como pesquisa e medição de desempenho em cada tipologia dos processos.

A transparência é um princípio constitucional afeto à Administração aos agentes. Na mesma esteira, o SEI adota o princípio da transparência administrativa, ainda que permita atribuir restrição de acesso a processos e documentos em casos específicos. O sistema tem por regra geral a transparência do fluxo de informações e o trabalho colaborativo.

O SEI oferece instrumentos para se manter um processo ou conjuntos de processos em permanente acompanhamento, sem que isso interfira nos fluxos de atividades e andamentos. Por isso, é importante cumprir cada etapa de maneira eficiente, para a correta medição de desempenho dos processos, assim como devem ser usadas as funcionalidades de pesquisa e acompanhamento para consulta a informações. Um exemplo de boa prática é a conclusão do processo ou seu envio para a unidade de destino tão logo as ações necessárias no atual setor sejam finalizadas, sem mantê-lo desnecessariamente aberto e aguardando remessa ou finalização.

Embora a ferramenta permita importar alguns formatos de arquivo (Documento Externo), os documentos formais do órgão devem ser redigidos no próprio sistema (Documento Interno). Os tipos documentais também podem ser personalizados de acordo com a realidade e na necessidade das unidades. Outras vantagens do uso de Documentos Internos são seus formatos padronizados e automatizados (data, numeração, endereço da unidade, processo de referência e número SEI).