O Ministério Público do Estado do Rio de Janeiro (MPRJ), por meio da 1ª Promotoria de Fundações, ajuizou ação que requer a nomeação, em caráter liminar, de um administrador judicial com amplos poderes de representação e administração para a Fundação Educacional de Duque de Caxias (Feuduc). A ação também requer que o administrador nomeado apresente relatório ao juízo sobre a situação financeira da fundação, a capacidade de honrar compromissos, de regularizar sua contabilidade e de exercer sua finalidade educativa. Caso seja constatada a impossibilidade de sua manutenção, o administrador deve atestar a necessidade de extinção da Feuduc. A Fundação é mantenedora da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Duque de Caxias e do Colégio de Aplicação da Feuduc.
 
Segundo a ação, a análise de documentos pela Contadoria do MPRJ concluiu pela não aprovação das contas da entidade em todos os exercícios financeiros entre 2003 e 2015. Em 2016, as contas sequer foram enviadas para análise. O exame da contabilidade da fundação revelou um quadro de absoluta desordem contábil, não permitindo o controle adequado pelo MPRJ, por outros órgãos públicos ou mesmo pelos administradores da fundação. Uma fiscalização feita pelo Conselho Regional de Contabilidade em 31 de março de 2015 não encontrou registro contábil adequado na instituição e sequer teve acesso aos Livros Diários referentes aos exercícios de 2010 a 2014. 
 
Por determinação da Promotoria de Fundações foi realizada auditoria operacional nas contas da Feuduc pela empresa Loudon Blonquist Auditores Independentes, cujo resultado instrui a ação do MPRJ. A empresa, no entanto, ressaltou que o trabalho teve seu escopo limitado, devido a extravios parciais de documentos contábeis e relatórios financeiros, além da violação ao sistema de processamento de contabilidade. A auditoria destacou, no entanto, a situação de péssima liquidez da fundação, a não contabilização da provisão de créditos de difícil recebimento, não prestação de contas de diversos convênios, adoção de critérios contábeis não condizentes com a legislação contábil que aumentavam o patrimônio fundacional, não contabilização de multas e juros sobre o passivo de obrigações sociais em atraso e existência de um passivo trabalhista de mais de R$ 4 milhões.

Além da desordem fiscal a situação política da fundação também apresenta sinais de desorganização. Segundo o MPRJ, os integrantes do conselho deliberativo não participavam das eleições ou não era comprovada sua regular convocação, apesar de serem eles os únicos legitimados a comporem o órgão supremo da instituição. Para o MPRJ, a fundação já deveria ter efetuado uma reforma estatutária que permitisse desatrelar a composição de seus órgãos estatutários dos instituidores originais. Assim, ficaria garantido que, mesmo com o passar do tempo, seria possível compor licitamente seus órgãos. No entanto, diversos grupos passaram a realizar eleições ilegítimas, algumas para períodos e órgãos coincidentes, revelando disputa interna que chegou a causar episódios de violência, com registro de ocorrências policiais por uso de armas de fogo, e a supressão de documentos contábeis.
 
O MPRJ também demanda na ação que sejam localizados e bloqueados valores monetários e veículos de propriedade da Feuduc para garantir que apenas o administrador judicial administre estes bens. A ação foi proposta junto à 3 ª Vara Cível da Comarca de Duque de Caxias.